Das Max-Planck-Institut für die Physik des Lichts (MPL) wird von derzeit vier Direktoren geleitet, denen jeweils eine Abteilung untersteht. Im Zwei-Jahres-Rhythmus alternierend übernimmt einer der Direktoren die Geschäftsführung; aktuell ist Prof. Jochen Guck der geschäftsführende Direktor.
Neben den Abteilungen gibt es unabhängige Forschungsgruppen, die von Nachwuchswissenschaftler*innen geleitet werden. Derzeit gibt es am MPL zehn Forschungsgruppen sowie eine Emeritus-Gruppe.